O Setor de Museologia é constituído pelas divisões de Acervo Museológico e Expografia.
A divisão de Acervo Museológico tem como uma de suas principais atribuições a gestão das coleções museológicas, realizando o registro, a catalogação, o inventário e a guarda, por meio de procedimentos técnicos específicos. Esta divisão atua também na pesquisa das coleções e no controle de empréstimos do acervo a outras Instituições. A divisão de Expografia é responsável pela avaliação, concepção e montagem de exposições concebidas pelo MAMM e das propostas expositivas apresentadas por artistas, colecionadores e instituições congêneres, adequando-as ao espaço expositivo do museu.
